一切都从战役开始。
西历1600年，当时的日本与现在完全不同。整个日本被分为多个小国，分别有着各自的领主。不久，为了争夺政治主导权，各小国互相敌对，分为东军和西军，并在现今岐阜县的关原展开了决战。
关原之战以战国大名德川家康率领的东军获胜而结束，全日本在德川幕府之下统一为一个国家。井伊直政是被德川家康重用的家臣。家康对井伊直政在关原之战打头阵的功绩评价甚高，遂将佐和山城赠予他。直政在那片土地上奠定了现今彦根的基础。

直政逝后，其长子直继成为继承人，依照德川家康的命令，将居城从佐和山转移到彦根山。那时候起，拆除佐和山城的艰巨工作便开始了。从佐和山城的石墙搬出石头，然后拉上彦根城的所在地。由这些石头建造起崭新的彦根城。从当时的势力图看，彦根城处于军事上非常重要的地点。因此，当时为了迅速建成，甚至从附近的寺院和毁坏的城堡搬来建材。彦根城的天守阁据说使用了大津城的建材。

1614年冬，还有1615年夏，德川家康迎战在大阪发生的战役。当时的城主——直继的弟弟直孝与家康一同作战，在天王寺、冈山之战中表现出英勇姿态。1615年春，直孝从哥哥直继那里继承了领地，成为彦根的领主。

名为湖东烧的陶瓷器开始生产，1842年起，彦根藩就开始直接参与其生产。

井伊家将彦根城的土地和建筑物捐献给彦根市。

彦根城迎来筑城400年。